Kesehatan lingkungan di Puskesmas bertujuan untuk mewujudkan lingkungan yang sehat dan mencegah penyakit atau gangguan kesehatan akibat faktor risiko lingkungan. Kegiatan pokok program kesehatan lingkungan antara lain: 

• Penyehatan air
• Penyehatan perumahan dan sanitasi dasar
• Pembinaan tempat-tempat umum
• Klinik sanitasi
• Sanitasi Total Berbasis Masyarakat (STBM)
• Pengawasan Depot Air Minum (DAM)
• Penyehatan makanan dan minuman